We are leaving when the long hand of the clock hits three, so wait at the entrance for me with your bag, OK?
時計の短針は、"short hand" または "time hand"、
長針は、"long hand" または "minute hand" といいます。
「時計の針が○○のところに来る」という時の動詞は、"hit" を使います。
従って前半は、"We are leaving when the long hand of the clock hits three,"
=「あの時計の長い針が3のところに来たら、出発するよ」
後半の「かばんを持って待つ」は、シンプルに "wait for me with your bag" で良いかと思います。
従って、"so wait at the entrance for me with your bag, OK?"
=「玄関でかばんを持って私のことを待っててね、わかった?」
となります。