Please wait a second. I'll prepare a table for you.
ご質問ありがとうございます。
この二つの表現はレストランの場面で普通です。
二番目の例に「Please wait a second.」＝「少々お待ちください。」は付いています。なので一番目の例の「soon」＝「すぐ」と多少に同じです。
両方の意味とニュアンスは大体一緒なので、どっちでも使っても良いですね。
例文：
A: Table for two please.
B: I'll prepare a table for you soon.
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
