I want to deposit this check into the account ending in 1234.
「最後4桁が1234の口座」は the account ending in 1234.
直訳は「1234 で終わっている口座」です。
「(口座に)入金をする」は to deposit a check into ~
"最後4桁が1234の口座に、このチェックを入金したいです"
= I want to deposit this check into the account ending in 1234.
になります。