I apologize for not getting my invoice to you sooner.
sorry for my late invoice とは言えません。
この場合、下の例文のように言うと良いでしょう。
1) Sorry I'm late sending in my invoice.
2) I apologize for not getting my invoice to you sooner.
2の方が丁寧な言い方になるので、送る相手によって使い分けてください。
ご参考になれば幸いです!