If there's something I do or say in the future that bothers you, please tell me.
1) Sorry I made you feel so bad up until now.
「今まで嫌な気持ちにさせてごめんね。」
「嫌な気持ちにさせる」は make someone feel so bad と言えます。
「今まで」は up until now
2) I didn't realize how much it bothered you.
「あなたが嫌だったの気が付かなかった。」
realize「〜に気がつく・理解する」
bother「悩ます・迷惑をかける」
3) If there's something I do or say in the future that bothers you, please tell me.
「この先、私の言動で嫌なことがあったら、言ってね。」
something I do or say で「私のやることや言うこと」＝「私の言動」と言えます。
ご参考になれば幸いです！
この言い方が日常会話的な自然な言葉となります。
bother は（迷惑かける）や「嫌な気持ちにさせる」と相当することです。
so much は「たくさん」ということです。
例文 Sorry to bother you so much, but could you help me with this job?
「たくさん嫌な気持ちにさせてごめんなさいのですが、この仕事で手伝ってくれる？」
参考になれば幸いです。
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