I want you to always think about your goals as you do this task, and not just blindly follow instructions
この文書は非常に深い意味を込めている為、直訳でなく、質問者様がお伝えしたい大事な情報を伝達するために意訳させていただきました。
僕の提案は「I want you to always think about your goals as you do this task, and not just blindly follow instructions」。
「Blindly」と書きましたが、これは目が見えないという意味ですが、質問者様の言う「頭を空っぽにして」にもっとも近い意味だと思います。
因みに、定常作業は「Routinized work」と言います（Routineとは定期的ルティーンとして行われると言う意味です）。
理由付けも英語で伝えるならば、次の様な表現が可能です。
- The reason is that, underlying assumptions may change at any time. If you're not thinking about your goals, it'll catch you out. （理由は、前提条件はいつでも変わる可能性がある。もしゴールを意識していないと、それに引っかかってしまうかもしれない）
イギリス 
