お店で食べたいメニューを選んでオーダーしてくださいって英語でなんて言うの？

コース料理ではなく当日メニューから食べられるものを選んでオーダーしてください
Instead of the sets, choose something that you can eat from the menu and order that

*短くしたいなら、and order thatは不必要だと思います。
「コース料理」は大体setと言います。courseと言いません。

choose something that you can eat from the menuは直訳で普通に通じますが、you can choose what you would like from the menuの方が自然な言い方だと思います。

ご参考になれば幸いです！