I thought I would regret it regardless of what conclusion I came up with.
「後悔が残る」というのは regret it で言えます。
「結末」は conclusion か ending になります。
come up with は(にする)の言い方です。
「どういう結末にしてもきっと自分の中では後悔が残ると思っていたので、悩んだけど結局ああいう結末にしました」というのは I thought I would definitely regret it regardless of what conclusion I came up with so I agonised over it, but finally I decided on that ending で表現できます。
参考になれば幸いです。