You can pay when you get off だと「降りるときに払えますよ」という意味です。You can pay というのは「払うことができる」という意味なので、この場合、乗るときでもいいし、降りるときでもどちらでも払えますというニュアンスがあります。乗るときに払う準備ができていない場合、降りるときでも払うことができますよ、と伝えたいときにこの言い方が良いです。
それと異なって You pay when you get off というと「降りる時に払うんだよ」という意味になります。この場合は降りる時ににしか払えない、降りる時に払うシステムなんだよと伝える場合です。
ちなみに乗り物から降りるときは get off と言います。どうぞご参考に。
1つ目のフレーズ "Just pay when you disembark." では、"Just" は「ただ〜だけ」という意味を表し、それだけすれば良いという意図を示します。"disembark" は船、機関車、飛行機などから降りることを表す英語の語彙ですが、ここではバスから降りる表現として使っています。
2つ目のフレーズ "You only need to pay as you leave." では、"only need to" は「〜するだけで良い」という意味で、バスから降りる時だけお金を支払えば良いと強調しています。そして "as you leave" は出発時にという意味で、ここではバスを降車する際にという意味です。
以上のフレーズを使うことで、バスの利用に困っている人に対して「乗るときは何も必要なく、降りるときにお金を払うだけで大丈夫」と英語で伝えることができます。