1) Are there any changes to the check-in time?
（チェックインの時間に変更はありますか？）
2) Were there changes made to the check-in time?
（チェックインの時間に変更はありましたか？）
上記二つの are there と were there の違いですが、現在形と過去形の違いです。全体の文章の意味にはさほど影響してはいません。
3) Did the check-in time change?
（チェックインの時間は変わりましたか？）
こちらは「変更はありましたか？」という言い方ではなく、もっと率直に時間が変わったか聞く感じです。
日本 
