1) Are there any changes to the check-in time?
(チェックインの時間に変更はありますか?)
2) Were there changes made to the check-in time?
(チェックインの時間に変更はありましたか?)
上記二つの are there と were there の違いですが、現在形と過去形の違いです。全体の文章の意味にはさほど影響してはいません。
3) Did the check-in time change?
(チェックインの時間は変わりましたか?)
こちらは「変更はありましたか?」という言い方ではなく、もっと率直に時間が変わったか聞く感じです。