お疲れ様です、と言う意味合いの言葉は英語にはなくて、良いフライトだったら、良いのですが、と言うニュアンスの「I hope you had a nice flight」と言うのが一番近いのではないか、と思います。日本でゆっくり、休んでくださいと言うのも「休む」と言うと、日本人的な感覚から、英気を養う、ゆっくりする、と言う意味合いが込められるかと思うのですが、ざっくりと「良い滞在をお過ごしくださいね」と言う意味合いの「Have a lovely time in Japan」と言ってあげるのは、いかがでしょうか？喜んでいただけると思います。
参考になれば、幸いです。
Thanks for making the long trip, you must be tired, so please take it easy and get some rest today.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Thanks for making the long trip, you must be tired, so please take it easy and get some rest today.
とすると、「[長旅](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/141721/)おつかれさまでした。お疲れだと思うので、今日はゆっくり休んでください。」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
long trip 長旅
take it easy ゆっくりする
参考になれば幸いです。
日本 
