お疲れ様です、と言う意味合いの言葉は英語にはなくて、良いフライトだったら、良いのですが、と言うニュアンスの「I hope you had a nice flight」と言うのが一番近いのではないか、と思います。日本でゆっくり、休んでくださいと言うのも「休む」と言うと、日本人的な感覚から、英気を養う、ゆっくりする、と言う意味合いが込められるかと思うのですが、ざっくりと「良い滞在をお過ごしくださいね」と言う意味合いの「Have a lovely time in Japan」と言ってあげるのは、いかがでしょうか？喜んでいただけると思います。
参考になれば、幸いです。
日本 
