Where did you go in Kyoto?
京都ではどこに行ったの？
in を使うと「京都内で」と聞くことができます。
What did you see in Kyoto?
京都では何を見たの？
直訳ではないのですが、観光に行っているので「何を見たの？」という聞き方もできるでしょう。
観光をすることは sightseeing と言い、sight 「情景」をいろいろ see 「見て」回っている感覚なので、このような言い方をします。
また、単純に How was Kyoto? 「京都はどうだった？」というのもいいと思います。
「京都ではどこに行ったの？」と友人などに聞く場合、"Where did you go in Kyoto?" または "Where did you visit in Kyoto?" と言うことができます。
"go" と "visit" はどちらも「行く」と言う意味で使われますが、"visit" はややフォーマルな言葉でどちらかと言うと「訪れる」と言う意味になります。
フレンドリーに聞くなら "go" でも良いでしょうが、友人が年上や先輩の場合は "visit" と言う言葉で使い分けるのも良いと思います。
ご参考になれば幸いです。
Where did you go in Kyoto?
京都ではどこに行きましたか？
Where did you visit in Kyoto?
京都ではどこに行きましたか？
What spots did you visit in Kyoto?
今日ではどのスポットに行きましたか？
上記のように英語で表現することができます。
in Kyoto で「京都では」となります。
お役に立てれば嬉しいです。
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