Have you had times when your head didn't work very well?
Have you ever felt like your brain wasn't working the way it should?
どちらも経験を聞いているので Have you (ever) + 過去分詞 ...? を使ってあげると良いです。
ーHave you had times when your head didn't work very well?
「頭がうまく働かなかった時(経験)がありますか?」
Have you had times when ....? 「〜した時がありますか?」という聞き方。
ーHave you ever felt like your brain wasn't working the way it should?
「脳が機能していないと感じたことがありますか?」
Have you ever felt ...? で「〜と感じたことがありますか?」という聞き方。
head(頭)の代わりに brain(脳)を使っても言えます。
ご参考まで!