それぞれの回答を見てみましょう。
【回答１】
私はLINEよりもWhatsAppを好む。
prefer A to B で、BよりAを好む、となります。
【回答２】
WhatsAppはLINEより良い。
比較級ですね。
【回答３】
私はLINEよりもWhatsAppのほうがうまく使える。
回答３が、最も分かりやすくご質問者様の意図が伝わるのではないでしょうか？
「どちらも苦手だが」の部分は、
"I'm not good at using both, but..."という風に表現できますよ。
いかがでしょうか？
ご参考になれば幸いです！
"I'm not good at either but WhatsApp is not as bad as LINE."＝「両方苦手だがWhatsAppはラインほど悪くない（ラインよりはマシ）」
"WhatsApp is better than LINE."＝「LINEよりWhatsAppの方が良い」という言い方もありますが、「～よりは～の方が良い」と両方ネガティブなニュアンスを表現するには "~is not as bad as ~" と「～ほど悪くない」と言った表現が適しているでしょう。
"~ is better than ~" という表現を使う場合には下記のように"slightly"を使うことによって「少しは良い」といった表現になります。
"I don't like either but WhatsApp is slightly better than LINE."=「どちらも好きじゃないがLINEよりWhatsAppの方が少しは良い」
日本 
