今回の質問は難解なので文脈にて補足します
「学問が理解できないのは、自分が何を理解していないのかわからないからだ。わからない箇所が判明すればそれを理解すればよい。どこがわからないのか、それがわからないから、わからないんだ」
自分の回答は
You can't understand because you don't know what you don't know.
You can't understand because you don't know what it is that you don't understand.
"You can't understand because you don't know what you don't know." で全然通じると思いますが、"You can't understand because you don't know what IT IS THAT you don't UNDERSTAND." と "it is that" を足し、最後の"know"も"understand"に変えることによってより分かりやすい文章になるかと思います。
"The reason you can't understand the question is because you don't know what it is that you don't understand. You only have to find out which part (of the question) you don't understand and understand that part. You can't understand because you don't know what it is that you don't understand." = 「学問が理解できないのは、自分が何を理解していないのかわからないからだ。わからない箇所が判明すればそれを理解すればよい。どこがわからないのか、それがわからないから、わからないんだ」
You can't understand because you don't know what you don't know.
他にも以下のような表現も可能です：
The reason you can't understand is because you don't know what it is that you don't understand. 「理解できないのは、何がわからないのかわからないからです。」
The reason you find it hard to understand is because you don't know which parts you don't understand. 「理解が難しいと感じるのは、どの部分がわからないのかわからないからです。」
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