It is different from the color that she really wanted.
It is not the color she wanted.
ご質問ありがとうございました。
頂いた文章「It is different color that she really wanted」は完全に間違っていないですが、文法的には少しだけ変更が必要となります。
まず、「色と違った」という意味がちゃんと伝えたい場合、「different color」だけでは足りないです。そのため、「Different from the colour」というフレーズが必要です。その他、頂いた文章は過去形に書いてあるので、isではなく、wasになっています。
頂いた文章がフルで書いたら、その感じになっています。
She received a necklace, but it was not the color she wanted.
二つ目の言い方では、ニュアンスが少し違って簡単でストレートな言い方です。「彼女のほしがっていた色ではなかった」という意味を表現しています。
どれも使っても大丈夫なので、ご参考になれば幸いです!