I want to understand each of their differences and use them well
to understand each of their differences (well) *文の最後にwell一回だけつけてもいいです。
それぞれの違いをよく理解する
I want to use (them) well
wellの代わりにcorrectlyもOKです。
上手く使い分けたい
相手はtheir/themが英単語、英語の表現とかで理解すると思います。
ご参考になれば幸いです。