セミナーなどで講師の人が聴取からの質問にこういう風に答えているのをよく耳にします。
結構そのままですが、Good question! で大丈夫です。That's a good question! でも。
Good point! は「いい視点・論点ですね!」です。
もちろん good の代わりに great などを使ってもいいです。
"That's a good question." と言うことで、聞かれた質問が考えさせられる良質なものだったり、重要な点を指摘していると評価していることを示します。
同じ意味を持つ別の表現例:
That's an excellent question.
I'm glad you asked that.
What a thoughtful question.