つまり...ってこと言ってるのか?
(That)はなくとも良いです。
... は主語 動詞 と繋げられます。
例
Are you saying that your boss is having an affair with somebody I know?
君の上司が俺の知り合いの誰かと不倫してるってこと?
Can it be that you mean he's not coming?は直訳すると、「あなたは彼が来ないということを意味しているということなだろうか?」のような意味になります。
Can it be (that)という表現は、「まさか~なのでしょうか」「もしかして~なのでしょうか」「ひょっとして~なのでしょうか」などを意味します。この言葉を使うと、質問の背後に潜んでいる疑問や疑念がより強く強調されることになり、より相手の確認を求めるような表現にもなります。canのかわりにcouldも使うことができます。
Can it be that she quit her career to become a housewife?
まさか彼女は仕事をやめて専業主婦になったのでしょうか?