That invoice has already been paid. Please check the transaction status.
That invoice has already been paid. Please check the transaction status with your bank.
The invoice in question has already been paid. Please verify the transaction status.
The invoice in question has already been paid.
That invoice has already been paid.
その請求は既に入金済みです。
上の文の方はより硬いです。ビジネス英語ではおかしいわけではありませんが二番目の方は十分だと思います。
Please verify the transaction status.
Please check the transaction status.
取引状況を確認してください。
また、上の文の方は硬いです。"check" で良いですがより堅苦しい表現が欲しいと "verify" を使えばいいです。この文の最後にふさわしいなら "with your bank" を付ければ良いです。
Please check the transaction status with your bank.
取引状況を銀行で確認してください。
I have already transferred the due amount into your bank account. Please check your transaction records.
ご質問ありがとうございます。
"I have already transferred the due amount into your bank account."＝「あなたの銀行口座に既に請求金額を振り込みました。」
（☆ もっと簡潔な言い方で "I have already made this payment."＝「もう既に支払いをしました。」も可能です。）
"Please check your transaction records."＝「取引の記録を確認して下さい。」
ご参考になると幸いです。
アイルランド 
アメリカ合衆国 
