Each of you take one でも伝わりますが you を使わずに
もっと簡単な表現で後者の take one each がおすすめです。
この場合の each は一人の事を指します。
その他 一人一箱で one box per person と使うのも可能です。
この場合の一人は per person と表現されます。
おっしゃられている内容は以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
I'd like each of you to carry one box.
「あなた達一人ずつに1箱を運んでほしいのです」
I'd like O to ～「私はOに～して欲しい」
each of you「あなた達1人ずつ」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
★★大阪カフェレッスン英会話講師 KOGACHI
日本 
