It's been a longer time now since we broke up than the time we spent together.
More time has passed now since you/I left than the time we spent together.
恋人との別れなら “broke up” とか “separated” （別れた）が使えますが、家族や友達が遠い所へ引っ越してしまったとかの時に使えません。その時は “left” （出た・離れた・別れた）とかがいいです。 “left” は恋人に限りませんが、恋人にも使えます。例えば「He left me for his pretty new neighbor.” （彼は私と別れて、新しく来たきれいな隣さんのところに行った。）
time we/they spent together = 共に過ごした時間
time has passed = 時間が過ぎた
Before I knew it, I had spent more time apart from you than I had spent with you.
Before I knew it, I had spent more time apart from you than I had spent with you.
気付けば、あなたと一緒に過ごした時間よりも、離れて過ごした時間の方が長くなっていました。
です。
before I knew it は
「気付けば」
「いつの間にか」
という意味で、日本語の「気付けば」にとても近い表現です。
また、
apart from you
で
「あなたと離れて」
「あなたと別れて」
という意味になります。
アメリカ合衆国 
