「この資料、私に送った後に変えた?」は英語で「Did you change this document after I sent it?」と言います。「Did you change」の方が自然だと思います。この場合、資料がもう変わったので確認しているところですが、「Have you changed」なら資料がまだ変わっていないのか確認している質問です。
トムさんが書いた提案がなくて、この資料、私に送った後に変えた?
The suggestions that Tom wrote are not here; did you change this document after I sent it?
Did you change this document after sending it to me?
・Did you change this document after sending it to me?
「この資料、私に送った後に変えた?」
Did you change(変えましたか?)と after sending it to me(私に送った後に)を組み合わせることで伝えることができます。
・Did you make changes to this document after you sent it to me?
「この資料、私に送った後に変更を加えた?」という意味の表現です。