雑菌に弱いって英語でなんて言うの？

雑菌とは英語で "microorganisms" = "microbes" と言えます。それは雑菌全てを含めています。その中の2つ：細菌 "bacteria" と 真菌 "fungi" は英語でよく知られていますので "microbes" より "bacteria and fungi" と言うほうが良いかもしれません。
OOに弱いとは一般に "be weak to" になります。"be susceptible to" も言えますが医学的、生物学的な単語です。

Raw koji is weak to microbes, like bacteria or fungi.
生麹は雑菌、例えば細菌とか真菌に弱いです。
It's especially susceptible to bacteria.
特に細菌に弱いです。