"日本に来たことあるの？"は「you have been to Japan before?」と言えますね。こちらの例では「have been to~」で訪れた、やって来たと表し「before?」で前に、以前にと言い表しています。
次の例文は少し言い方を変えていますが同じく"以前日本を訪れたことがあるんですか？"と言う意味になります。こちらの例では「before?」に代わって「previously」で"前に、以前に"と言い表し「have been to~」の代わりに「visit」で"訪れる、訪問する"と表しています。
You've been to Japan before?
日本に来たことがあるのですか？
I didn't know you've been to Japan!
日本に来たことがあったなんて知りませんでした！
上記のように英語で表現することができます。
I didn't know (that) ...
「〜だとは知りませんでした」
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