雨上がりの土や草、樹木の匂いが好きです。落ち着きます。って英語でなんて言うの？

Smell も使えますが確かに悪い匂いの時も使われるので
気になるのであれば scent を使うと良いです。
Smell に比べるとほのかな匂いな感じだと思います。

雨あがり は 雨が降った直後と言う意味で just after the rain と
表現すると良いです。

落ち着くと言いたい場合は relaxing と言う動詞が使えます。

1)’ 雨の後の土や草、樹木の匂いが好きです。それは私を落ち着かせ穏やかにしてくれます‘

匂いは、smell で良いと思います^ ^
何の匂いかを直後に説明しているので、大丈夫です。
make ~ ~にさせる
soil 土
grass 草、草木
tree 樹木、木

2）‘雨の後の森林の雰囲気が好きです。それは気持ちを落ち着かせてくれます‘‘
もしくは、↑atmosphere を用いて、〜の雰囲気、感じという風に大きく表現できます
calm down 落ち着かせる