Thank you for taking the time from your busy schedule to meet with me.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
色々な言い方があると思いますが、take the time to 使って『~するために時間を割く』がよいかなと思いました。
Thank you for taking the time to see me.
『私に会うために時間を割いてくれてありがとう。』
お相手がお忙しいところ会ってくれたという場合は、
Thank you for taking the time from your busy schedule to meet with me.
『忙しいスケジュールの中、私に会うために時間を割いてくれてありがとうございます。』
という言い方をしてもよいでしょう。
メモ
隙間時間は、空き時間として、spare-timeと言えますね!
また、Spare timeを動詞として『時間を割く』という使い方もできます。
少し応用してhave time to spare『時間に余裕がある。』というのも日常会話ではよく使われています。
参考にしていただけましたら幸いです!