ーIf you want to send more than a 100,000 yen at the ATM, you'll have to make two transfers.
「ATM で１０万円以上振込みたいなら、２回振込しないといけないよ。」
ここの transfer は名詞で「振替・振込」、make two transfers で「２回振込をする」
ーYou will have to transfer the money separately at the ATM if the total exceeds 100,000 yen.
「合計が１０万円を超えるなら、ATMで現金を分けて振り込まないといけないよ。」
transfer は動詞で使うと「振り込む」という意味になります。
transfer the money separately で「お金を分けて振り込む」
exceed で「超える・超過する」
ご参考まで！
"You can transfer the money in two separate transactions."
「二回に分けて振り込む」という表現は、"You can transfer the money in two separate transactions." が適しています。"in two separate transactions" は「二回に分けて」という意味で、"transfer" は「振り込む」という意味です。
また、「ATMで一度にできないから」と言いたい場合は、"Because the ATM doesn't allow transfers over 100,000 yen in a single transaction" というフレーズが使えます。
★ 具体例
"You can transfer the money in two separate transactions, because the ATM doesn't allow transfers over 100,000 yen in one go."
「ATMで10万円を超える振込は一度にできないので、二回に分けて振り込んでください。」
カナダ 
アメリカ合衆国 
