物を出す とは英語で "to take something out" と言います。
しまう とは "to put (something) away" になります。同じ物を指すなら "it" を使えます。
If you take something out,
物を出したら
put it away!
しまいなさい。
"please" を入れたら、「しまってください」になります。
If you take something out, please put it away.
物を出したらしまってください。