あなたの言ってる意味は分かるけど、私には理解出来ないって英語でなんて言うの？

I get you but I can't comprehend - 自分は分かるけど、理解には苦しむ I get you = 私はあなたが分かる・伝わる（考えや思いの事です） but I can't comprehend - でも自分は・私は理解できない comprehendとは考えたうえで、考えたといったような単語です。 Can you comprehend? - あなたは理解できますか？ I understand but I can not agree - 自分は分かりますが賛成はできません。 I don't understandだけですと自分は分からないだけになってしまいます。

ニュアンスを伝えるのが難しい表現ですね！ Shotaさんがおっしゃるように、"I don't understand"で問題ありませんがここは"I understand, but I don't understand"で同じ言葉を使ったらわかりにくいので、微妙な違いを出すために違った言葉も例として出してみました。 「分かる」"understand"に対して「理解出来ない」は"empathize"と、日本語にしたら「共感」に近しい意味の言葉です。これは言語を理解する・聞き取れる・わかる、という時でも"understand"を使うのに対して"empathize"は心の理解が含まれないと使われないためです。 もう一つは「分かる」"comprehend"に対して「理解できない」"cannot understand"です。ここでの"comprehend"は「理解」という意味もありますが「認識」というニュアンスもあります。認識はするけど根本的に理解はできないよ、というニュアンスですね。