ーWhat's in the middle (of the cookie)?
「（クッキーに）何が挟んであるの？」
What's in the middle? （真ん中に何があるの？）を使って聞けます。
＊ここで cookie が単数形なのは、例えばオレオクッキーは２枚のクッキーにクリームが挟んでありますが、あの状態で１つのクッキーとみなされますよね？それと同じ理由です。
ーWhat's in between the cookies?
「クッキーの間に何が挟んであるの？」
What's in between ....? (…の間に何があるの？）を使っても聞けます。
＊ここでは cookies と複数形になっているのは、between を使っているからです。クッキーとクッキーの間＝２枚のクッキー、と解釈されるからです。
ご参考まで！
カナダ 
