彼らがなぜそう思うのか僕にはわからないって英語でなんて言うの？

はい、"I don't understand why they think so"と言えます。 二番目のフレーズは"so"を"that way"（そのように）に置き換えてみました。 Example sentence: "Why would they think like that? I don't understand how their mind works." (なぜ彼らはそのように考えるのだろう？彼らの心の動きが私には分からない）