はい、"I don't understand why they think so"と言えます。
二番目のフレーズは"so"を"that way"(そのように)に置き換えてみました。
Example sentence:
"Why would they think like that? I don't understand how their mind works." (なぜ彼らはそのように考えるのだろう?彼らの心の動きが私には分からない)
I can't comprehend why they think the way they do.
I have no idea what makes them think that way.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI can't comprehend why they think the way they do.
「彼らがなぜそのように思うのか私には理解できない」
ーI have no idea what makes them think that way.
「何が彼らをそう思わせるのか全くわからない」
ご参考まで!