"The true essence of the matter"とは「ある物事の本質」と訳せます。
Sentence in context:
"The important thing is for you to be able to understand the true essence of this matter." （あなたにとって重要なことは、この案件の本質が理解できるかどうか、ということです）
物事の本質は「the essence of things」と言います。
例えば、「物事の本質を見極めてほしい」という場合は、 I want you to grasp the essence of things. 『物事の本質を見極めてほしい』
また少し変えて Please see the true nature of things. や Try to understand the core of the matter. というようにも表現できます。
アメリカ合衆国 
