例えば「AではなくBに同意する」と言いたい:
Agree with B instead of A. にも
Agree with B rather than A. にも訳せます。
両方(instead of A, rather than A)は同じ意味でどちらでも使えます。両方は1つしか選べない場合によく使われています。「AかBどちらか一つを選びなさい」みたいな選択の時です。
"rather" の方はイギリス英語っぽいと思います。一般に "instead" の方はよく使われているかもしれません。
"B and not A" は簡単な言い方で、2つ(AもBも)を選べる場合にも使えます。
I agree with B and not A.
私はAではなくBに同意します。(Bに同意する、Aに同意しない)