「一日中ベッドの上で過ごした」は英語で I spent the entire day in bed もしくは I stayed in bed all day と言います。
英語の場合は「ベッドの上」ではなく、「ベッドの中」と言います。イメージはベッド、人、毛布。人が真ん中にいます。
I spent the entire day on bed/ I spent the entire day on the bed は凄く変です。
休みの日は一日中ベッドの上で過ごす - I usually stay in bed the entire day on my days off もしくは I usually spend the whole day in bed on my days off になります。