詳しい状況がわかりませんが、下のようなシチュエーションの場合、
That makes sense.
Now I get it.
などを使って「なるほど」を表現できます。
A: He didn't take the train to work today. He drove instead and probably got caught in traffic.
「彼、今日は電車じゃないよ。車だから多分渋滞にはまっているのかも。」
B: Oh, that makes sense now.
「あ〜なるほど。」
B: He's never late for work, but now I get it.
「彼、絶対遅刻しないもんね。なるほど。」
ご参考まで!