ご質問ありがとうございます。
①
"I'm sorry to trouble you when you are setting aside the item there, but would you exchange it with this item?"=「商品の取り置きをしているときに悪いけど、この商品と交換してくれますか。」
②
"I feel bad asking you this when you are checking our stock, but it's not necessary anymore. "=「在庫確認をしてもらっているときに聞くのが悪いと思うんだけど、もうそれは結構です。」
ご参考になると良いです!