旦那さんに「Congratulations on your pregnancy」は確かにおかしいですね。
代わりに使える文を三つ紹介します。
まず、奥さんのことですから、「奥さん」を入れて簡単に問題解決。
Congratulations on your wife's pregnancy!
（奥さんの）妊娠おめでとう！
子供ができて、家族が増えるということで、下の分はいかがでしょうか？
Congratulations on your growing family!
家族が成長して幸せですね！
また、妊娠のことを使わずに、「いいニュース聞きましたよ！」と伝えたらいいと思います。
I heard the (good) news; congratulations!
（あなたのいい）ニュース聞きましたよ。おめでとう！
It's so wonderful your wife is pregnant, congratulations!
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーCongratulations on your new baby!
「新しい赤ちゃん、おめでとう」＝「妊娠おめでとう！」
ーIt's so wonderful your wife is pregnant, congratulations!
「奥さんが妊娠したなんて素晴らしい、おめでとう」＝「妊娠おめでとう」
ご参考まで！
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カナダ 
