It's ok to send the original files by post, and then a scanned version by email afterwards.
ご質問ありがとうございます。
「原本」=「the original (files)」
「郵送して」=「send (by post)」
「あとは」=「afterwards」
「スキャンのメールで」=「scanned version (by email)」
「大丈夫=「it's ok」
このフレーズは質問に見えないので、上記の翻訳がいいと思います。
「スキャンのメール」=「scanned mail」となりますが、「scanned version by email」=「スキャンのバージョン」の方がいいです。
例文:
With all of the documents, it's ok to send the most important original files by post, and then a scanned PDF color version by email afterwards.
いくつかの書類の中で、特定のものは原本郵送で、あとはカラースキャンしたものをPDFでメールで大丈夫です。
ご参考になれば幸いです。