ご質問ありがとうございます。
「うまくいかなそう」つまり「嫌な感じがする」と言いたい場合は、シンプルに
I have a bad feeling about this.「(このことについて)嫌な予感がする」
と表現することができます。
また、seem を使う場合は、it が主語なので seem に s をつけて seems
It seems like .... 「〜のようだ」
it's not going well 「うまくいかない」
It seems like (that) it's not going well.
「うまくいかないようだ」
ご参考になれば幸いです。