It was meant to beで、(こうなる)運命だった、始めからこうなると決まっていた、というお決まりフレーズです。
それにnotが入ると、運命じゃなかった、そうなるべきではなかった、という意味になります。
We were not meant to be togetherは、私達は一緒になる運命じゃなかった、となります。
既に他のアンカーの方が素晴らしい回答を提供していますので、私は別の言い方を提供します。
We were not destined to be together.
という言い方もあります。
「私たちは一緒になるように運命づけられてはいなかった」
の意味で、
日本語の「縁がなかった」よりもかなり重たい響きがします。
なので、軽い感じで言いたかったら、この表現は不向きですが、
ちょっと厳かな雰囲気を持たせたい場合は、
この表現を使えば良いと思います。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
★★大阪カフェレッスン英会話講師 KOGACHI