I was not sure who your secretary was, so I took the liberty of contacting you directly.
I'm afraid I don't know who your secretary is, so I hope it is ok that I contacted you directly.
この場合、「take the liberty of 〜」という表現を使うことができます。
「Take the liberty of 〜」は日本語の「勝手ながら」のような表現です。
「秘書」は英語で「secretary」です。
「直接」は「direct」で、「直接連絡する」は「to contact directly」になります。
I was not sure who your secretary was, so I took the liberty of contacting you directly.
秘書が誰かわからなかったため、勝手ながら直接連絡しました。
場合によってはこれがちょっとストレートすぎると感じる相手がいます。
もうちょっと柔らかく書くときは下のような文が良いと思います。
I'm afraid I don't know who your secretary is, so I hope it is ok that I contacted you directly.
秘書が誰かわからないため、直接連絡しましたが、それは大丈夫だったでしょうか。
「I'm afraid」と「I hope」を使うと、印象が柔らかくなって、「許可なしでしてごめんなさい」のニュアンスがあります。