Every day, my father changes the water and evergreen branches on the family shrine. I want to follow his example.
私は詳しくはわかりませんが、その水は故人の霊のためですね。「The water is for the spirits of the deceased to drink」とはどうでしょうか。
榊は、「Sakaki is an evergreen tree used in Shinto ritual」と言えますね。
My father looks after the / our household shrine by changing the water and evergreen branches every day. I want to follow his (good) example.
お父様のされていることは、水と榊の取り替えではありますが、それはただの習慣でなく心をこめた行為なので、look after を入れました。
「神棚」は、家にある祭壇(正確には小さな神社)ですから、the / our household shrine と言えます。shrine を alter に替えることもできますが、shrine のほうが日本の神道に基づくものとして一般的に使われますので、shrine がいいでしょう。
ちなみに、英語で「神棚」を説明する場合、こんな表現が可能です。
Many houses in Japan contain a small indoor shrine dedicated to a local shinto god. Family members worship at the shrine by offering simple prayers, food and flowers.「日本の多くの家には、地元の神様を祀るための小さな祭壇があります。家族は、つつましい祈りと食物、花をお供えし、祭壇に向かって拝みます」