No matter who you are, you have your own worth.
(あなたが誰であっても、あなたにはあなた自身の価値がある)
Never doubt you are valuable just as you are.
(あなたらしくいるだけで価値があるということを疑わないで。)
上記のような言い方はどうでしょうか?
no matter who you are(あなたが誰であろうとも)でもjust as you are(あなたそのままで)でも、「どんな自分であろうと」のようなニュアンスが含まれているので、「欠点があろうと」ということを含意しています。
参考になれば幸いです。