No matter who you are, you have your own worth.
（あなたが誰であっても、あなたにはあなた自身の価値がある）
Never doubt you are valuable just as you are.
（あなたらしくいるだけで価値があるということを疑わないで。）
上記のような言い方はどうでしょうか？
no matter who you are（あなたが誰であろうとも）でもjust as you are（あなたそのままで）でも、「どんな自分であろうと」のようなニュアンスが含まれているので、「欠点があろうと」ということを含意しています。
参考になれば幸いです。
**Don’t forget that you have value no matter what.**
直訳に近い形で「どんな状況でもあなたには価値があることを忘れないでね」。
* **Always remember that you’re worthy just as you are.**
「ありのままのあなたで十分に価値があることを忘れないでね」。心を支えるような優しい響きです。
* **Never forget that you matter, no matter what flaws you have.**
「たとえ欠点があっても、あなたは大切な存在なんだよ」。母親が子供を安心させる場面にぴったりの表現です。
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