この場合は次のように言うと自然で良いと思います。
ーWhy did you wait so long to see me?
「なんで私に会うのにそんなに長く待ったの？」＝「なんでもっと早く来なかったの？」というニュアンスです。
ーWhy did you leave it like this all this time?
「なんで今まで放っておいたの？」
to leave で「放っておく・〜のままにしておく」
all this time で「今まで」
ご参考まで！
Why did you wait until it got this bad?
「なんでこんなに悪くなるまで待ったの？」自然で、叱り口調にもなります。it は “your tooth / your cavity / your pain” のことです。
* Why did you leave it so long?
「なんでそんなに長く放っておいたの？」leave it は「手を付けずにそのままにした」。so long が「長すぎる」。
* Why didn’t you come in sooner?
「なんでもっと早く来なかったの？」歯医者さんがよく言う定番。責めるけど、比較的プロっぽい言い方です。
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