「〜に入ってなかった」をそのまま英語にするとIt wasn't in〜となります。これでも十分通じます。
例文
My daughter's clothes weren't in her bag.
娘の服は彼女のバッグに入ってなかった。
また、I couldn't find it in〜(〜に見つけませんでした)という言い方もあります。It wasn't in〜は決して失礼ではありませんが、I couldn't find it in〜の方が柔らかく聞こえるかもしれません。
例文
I couldn't find my daughter's clothes in her bag.
娘の服はカバンの中では見つかりませんでした。