「〜に入ってなかった」をそのまま英語にするとIt wasn't in〜となります。これでも十分通じます。
例文
My daughter's clothes weren't in her bag.
娘の服は彼女のバッグに入ってなかった。
また、I couldn't find it in〜（〜に見つけませんでした）という言い方もあります。It wasn't in〜は決して失礼ではありませんが、I couldn't find it in〜の方が柔らかく聞こえるかもしれません。
例文
I couldn't find my daughter's clothes in her bag.
娘の服はカバンの中では見つかりませんでした。
It wasn’t in the bag.
Her clothes weren’t in her bag.
It wasn’t included.
It was missing.
「入ってなかった」は、シンプルに言うなら “It wasn’t in the bag.” です。
こういう「あるはずの物がカバンに入っていない」は、英語では
wasn’t in + ~（in the bag / in her backpack）
がとても自然です。
アメリカ合衆国 
