分かったつもりだったけど分かっていなかったって英語でなんて言うの？

ご質問ありがとうございます。

「分かったつもりだったけど分かっていなかった」は英訳すれば、「I intended to understand, but I wasn't able to do so.」になります。

上記の英文でそのまま伝えられるはずが、もっと自然な言い方を使いたいなら、「I was hoping to be able to understand, but unfortunately I couldn't.」と言えます。
最初の部分「I was hoping to be able to understand」は「理解してほしかった」を表します。そして、「but unfortunately I couldn't」は「残念ながら理解できなかった」という意味です。

ご参考になれば幸いです。