I intended to understand, but I wasn't able to do so.
I was hoping to be able to understand, but unfortunately I couldn't.
ご質問ありがとうございます。
「分かったつもりだったけど分かっていなかった」は英訳すれば、「I intended to understand, but I wasn't able to do so.」になります。
上記の英文でそのまま伝えられるはずが、もっと自然な言い方を使いたいなら、「I was hoping to be able to understand, but unfortunately I couldn't.」と言えます。
最初の部分「I was hoping to be able to understand」は「理解してほしかった」を表します。そして、「but unfortunately I couldn't」は「残念ながら理解できなかった」という意味です。
ご参考になれば幸いです。