最初の言い方は、It ends up working out in the end は、最後はなんとかなるもんだと言う意味として使われていました。
最初の言い方では、in the end は、最後はと言う意味として使われています。working out は、なるもんだと言う意味として使われていました。
二つ目の言い方は、It ends up working in the way you want to は、最後はなんとかなるもんだと言う意味として使われています。
二つ目の言い方では、ends up は、なんとかと言う意味として使われていました。you want to は、なるもんだと言う意味として使われています。
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