「店長が直接コーヒー豆を挽いて作っている」って英語でなんて言うの？

ご質問ありがとうございます。

「直接」はdirectlyと言いますね。この場合でも使えますが、スムーズな英語にすると主語をコーヒ豆にする必要があります。
例：The coffee beans are ground directly by the manager and made into coffee.

日本語の文法のままに英訳すると、The manager grinds the beans (himself, herself, themself)になります。

ご参考になれば幸いです。