The manager grinds the beans themself and makes the coffee.
ご質問ありがとうございます。
「直接」はdirectlyと言いますね。この場合でも使えますが、スムーズな英語にすると主語をコーヒ豆にする必要があります。
例：The coffee beans are ground directly by the manager and made into coffee.
日本語の文法のままに英訳すると、The manager grinds the beans (himself, herself, themself)になります。
ご参考になれば幸いです。
The manager grinds the coffee beans himself and makes the coffee.
The manager grinds the coffee beans himself and makes the coffee.
『店長自身がコーヒー豆を挽いてコーヒーを作っています。』
または、
The manager personally grinds and brews the coffee beans.
『店長が**個人的に（自ら）**コーヒー豆を挽いて、淹れています。』
アメリカ合衆国 
