The manager grinds the beans themself and makes the coffee.
ご質問ありがとうございます。
「直接」はdirectlyと言いますね。この場合でも使えますが、スムーズな英語にすると主語をコーヒ豆にする必要があります。
例:The coffee beans are ground directly by the manager and made into coffee.
日本語の文法のままに英訳すると、The manager grinds the beans (himself, herself, themself)になります。
ご参考になれば幸いです。