ご質問ありがとうございます。
「時間を超える」はgo over on timeとかrun over on timeとかrun past timeなどに英訳でいます。
「いいの」はちょっとカジュアルな言い方ですので、is it okに訳していますが、もっとフォーマルな言い方はis it all rightとかis it alrightとかis it a problemなどです。
例文:Is it a problem that we are running over on time?
ご参考になれば幸いです。